1883-cü ildə Hacı Nəcəf Zeynalovun evində Eynəli bəy Sultanovun rəhbərliyi ilə mütərəqqi Naxçıvan ziyalılarının yaratdığı “Müsəlman incəsənəti və dram cəmiyyəti” tərəfindən ilk dəfə Mirzə Fətəli Axundovun “Müsyö Jordan və Dərviş Məstəli şah cadukun” əsəri tamaşaya qoyulmuşdur. Bu ilk tamaşa ilə Azərbaycan teatrının bir qolu olan Naxçıvan teatrının əsası qoyulmuşdur. Ardınca M.F.Axundovun “Molla İbrahimxəlil kimyagər”, “Lənkəran xanının vəziri”, “Hacı Qara” komediyaları, N.Vəzirovun “Müsibəti Fəxrəddin”, Ə.Haqverdiyevin “Dağılan tifaq”, N.Nərimanovun “Nadir şah” və s. əsərləri tamaşaya qoyulmuşdur.

1922-ci ildə teatra Dövlət Dram Teatrı statusu verilmişdir. Teatr həm romantik, həm də realist istiqamətdə inkişaf edirdi. Hal-hazırda teatrın repertuarında dünya klassiklərinin əsərləri, həmçinin musiqili əsərlər əhəmiyyətli yer tutur. Bu teatrda istedadlı aktyor və rejissorların bir neçə nəsli yetişmişdir.1965-ci ildə teatra Cəlil Məmmədquluzadənin adı verilmişdir.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyev “Cəlil Məmmədquluzadə adına Naxçıvan Dövlət Musiqili Dram Teatrının 125 illik yubileyi haqqında” 2008-ci il 31 yanvar tarixində Sərəncam imzalamış və teatrın 125 illik yubileyi geniş şəkildə qeyd olunmuşdur.