1993-cü ilin may-iyununda hökumət böhranının kəskinləşməsi ilə ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və Azərbaycanın ərazisinin parçalanması təhlükəsi yaranmışdı. Bu zaman Azərbaycan xalqı yaxşı başa düşürdü ki, onu bu təhlükələrdən xilas edə biləcək yeganə şəxs Heydər Əliyevdir. Beləliklə, xalqın təkidli tələbi ilə Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri Heydər Əliyevi rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular.

 Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də  Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi, iyunun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin, səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.

 1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan respublikasının prezidenti seçildi.

Dövlət müstəqilliyini möhkəmləndirmək, müstəqil dövlət quruluşu yaratmaq,dövlət atributlarını yaratmaq və inkişaf etdirmək, Azərbaycan Respublikasının ərazi bütövlüyünü, tam suverenliyini təmin etmək, ölkəni müharibə şəraitindən çıxarmaq, vətəndaşların rifahını yaxşılaşdırmaq, onların yaşaması üçün lazımi şərait yaradılmasını qarşıda duran vəzifələr kimi irəli sürüldü. Hələ ulu öndər 1993-cü ildə prezident seçkiləri ərəfəsində öz proqramında bəyan etmişdi ki, “Azərbaycan demokratik inkişaf yolunu seçəcək, xalqımız sivil dünyanın yolu ilə gedəcək ”.

Azərbaycan dövlətçiliyinin müasir tarixinə öz adını əbədi həkk etmiş bu nadir tarixi şəxsiyyətin ölkəmizə rəhbərlik etdiyi illər intibah, milli tərəqqi, milli oyanış, nəhayət müstəqil dövlət quruculuğu dövrü kimi qəbul edilir. Ulu Öndərin 1993-1998-ci illər I Prezidentlik dövründə dağılmaqda olan gənc müstəqil dövlət vətəndaş qarşıdurmasını aradan qaldırmaq, silahlı dəstələri zərərsizləşdirmək, torpaqların düşmən tərəfindən işğalını dayandırmaq müharibədə atəşkəsə nail olunmaqla dinc quruculuq işlərinə başlamaq imkanı əldə etdi. Ölkədaxili sabitlik təmin olundu, dünyanın inkişaf etmiş dövlətlərinin marağı Azərbaycana yönəldi. Neft strategiyası siyasətinin tərkib hissəsi olan müqavilələrin imzalanması, hüquqi legitim parlamentin formalaşması, müstəqil dövlətin Konstitusiyasının qəbul edilməsi ilə Azərbaycan demokratik cəmiyyətə keçid etdi.

 O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən  seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən Azərbaycan Respublikasının prezidenti seçilmişdir