1998-ci il 11 oktyabrda Heydər Əliyev alternativ əsaslarla keçirilmiş prezident seçkilərində qələbə qazandı. Onun II prezidentlik dövrünə aiddir:

ATƏT-in İstanbul sammitində Bakı-Ceyhan neft kəmərinin çəkilməsi haqqında sazişin imzalanması (1999-cu il noyabr ayı);

Azərbaycanda ilk bələdiyyə seçkilərinin keçirilməsi (1999-cu il 12 dekabr);

BMT-nin minilliyin sammitində iştirak etməsi (2000-ci il 7 sentyabr);

Bakıda Dünya azərbaycanlılarının I qurultayının keçirilməsi (2001-ci il 9-10 noyabr);

Milli Məclis tərəfindən “Azərbaycan Respublikasının insan hüquqları üzrə Müvəkkil (Ombudsman) haqqında” Azərbaycan Respublikasının konstitusiya qanununun qəbul edilməsi (2001-ci il 28 dekabr);

Respublikada ilk özəl orta ümumtəhsil məktəbi olan Müasir Təhsil Kompleksinin fəaliyyətə başlaması (2001-ci il 1sentyabr);

Respublika Prezidenti yanında Sahibkarlar Şurasının yaradılması (2002-ci il);

Xarici ölkələrdə yaşayan Azərbaycanlılarla iş üzrə Dövlət Komitəsinin yaradılması (2002-ci il 5 iyul);

Azərbaycan Respublikasının konstitusiyasına dəyişiklik edilməsinə dair referendumun keçirilməsi (2002-ci il 24 avqust);

Səngəçal terminalında Bakı-Tbilisi-Ceyhan əsas ixrac neft kəmərinin Azərbaycan hissəsinin təməlinin qoyulması (2002-ci il 18 sentyabr);

Elmira Süleymanovanın ilk Ombudsman seşilməsi (2002-ci il 2 iyul);

Qazaxıstan neftinin Bakı-Tbilisi-Ceyhan kəməri ilə ixrac edilməsi haqqında razılığın əldə edilməsi (2002-ci il);

“Dədə Qorqud” dastanının 1300 illik yubileyinin keçirilməsi (2000-ci il);

Bakıda ilk Olimpiya İdman Kompleksinin istifadəyə verilməsi(2000-ci il);

Azərbaycan idmançılarının XXVII yay Olimpiya oyunlarında uğurla iştirak etməsi (2000-ci il);

NATO-nun Praqa sammitində Azərbaycanın NATO Parlament Assambleyasının assosiativ üzvlüyünə qəbul olunması (2002-ci il noyabr ayı);

MEA-nın Naxçıvan bölməsinin yaradılması (2002-ci il 6 avqust);

Heydər Əliyev 2003-cü il 12 dekabrda vəfat etmişdir.