Müstəqil Azərbaycan Respublikasının mühüm dövlətçilik təsisatlarından biri olan milli təhlükəsizlik orqanlarının formalaşması və inkişafında mühüm rol oynayan xüsusi xidmət orqanları və sərhəd xidməti üçün xalqına və dövlətinə ləyaqətlə xidmət edən, onun təhlükəsizliyi keşiyində dayanan, sədaqətli və vətənpərvər, yeni nəsil peşəkar və ixtisaslı kadrların hazırlanmasını həyata keçirən Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Heydər Əliyev adına Akademiyasının yaradılması bilavasitə ümummilli lider Heydər Əliyevin adı ilə bağlıdır.

Zəngin və mənalı həyat yolunun 25 ilini milli təhlükəsizlik orqanlarında xidmətə həsr etmiş ulu öndərimiz 1997-ci il martın 28-də milli təhlükəsizlik orqanları əməkdaşlarının peşə bayramı gününün təsis edilməsinə həsr olunmuş yığıncaqda çıxış edərkən bu orqanlarda xidmət edən kadrların rolundan, qarşısına qoyulan tələblərdən və onları səciyyələndirən amillərdən danışaraq yüksək ixtisaslı, peşəkar kadrların hazırlanması məqsədilə Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Akademiyasının yaradılmasının zəruri olduğunu qeyd etmişdi.

Xüsusi xidmət orqanları üçün peşəkar kadrların hazırlanması milli təhlükəsizliyin təmin edilməsində ən başlıca məsələlərdən biridir, çünki bundan yalnız milli təhlükəsizlik orqanlarının fəaliyyətinin effektivliyi deyil, həmçinin bütün ölkənin və xalqın təhlükəsizliyi asılıdır.

Bunun məntiqi nəticəsi kimi, Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Akademiyası 1998-ci il dekabrın 1-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevin sərəncamı ilə yaradılmışdır.

Ümummilli liderin digər sərəncamı ilə uzun illər respublikamızın xüsusi xidmət orqanlarında çalışmış və bu orqanlara rəhbərlik etmiş, böyük həyat və əməliyyat təcrübəsinə malik olan general-leytenant Ziya Məmmədiyyə oğlu Yusif-zadə 1999-cu il iyunun 28-də Akademiyaya rəis təyin edilmişdir.

Azərbaycan Respublikasının milli təhlükəsizlik orqanları və Sərhəd Qoşunları üçün kadr hazırlığı sahəsində nailiyyətləri nəzərə alınaraq, Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin Fərmanı ilə 20 dekabr 2005-ci ildə Akademiyaya Heydər Əliyevin adı verilmişdir.