Heydər Əliyev muzeyi Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 1999-cu il 18 fevral tarixli, 21-01/S nömrəli sərəncamına əsasən Naxçıvan şəhərində yaradılmış, 1999-cu il mayın 10-da fəaliyyətə başlamışdır.

 Muzeydə ulu öndər Heydər Əliyevin ailəsinə, onun uşaqlıq və gənclik illərinə həsr olunmuş stendlər, Naxçıvan MR Ali Məclisinin sədri işlədiyi dövrə (1991-1993) aid şəxsi sənəd və materiallar, imzaladığı məktub, qərar və sərəncamlar, Türkiyə Cumhurəyyəti və İran İslam Respublikası ilə əməkdaşlıq sahəsində imzaladığı müqavilələrin surətləri, Azərbaycan Respublikasının müxtəlif bölgələrində yaşayan vətəndaşların müraciətləri toplanmışdır. Burada "Xalqımla həmrəyəm", "Qayıdış", "Naxçıvan yaşayır və döyüşür", bölmələri təşkil olunmuşdur. Muzeyin kitabxanasında Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətini əks etdirən jurnal, albom və kitablar saxlanılır.