Bölgə inzibati ərazi vahidi kimi 1827-ci ildə yaradılmış və ilkin adı Qarabulaq olmuşdur. Rayon kimi 8 avqust 1930-cu ildə təşkil olunmuş və Qaryagin adlandırılmışdır.1959-cu ilin aprelində böyük Azərbaycan şairi Məhəmməd Füzulinin anadan olmasının 400 illiyi şərəfinə Qaryagin rayonunun adı dəyişərək Füzuli rayonu adlandırılmışdır.

Füzuli rayonu 23 avqust 1993-cü il tarixdə ermənistan silahlı qüvvələri tərəfindən işğal olunmuşdur. 05 yanvar 1994-cü ildə Azərbaycan Respublikası silahlı qüvvələrinin hücumu nəticəsində rayonun 22 yaşayış məntəqəsi işğaldan azad olunmuşdur. Hazırda işğaldan azad olunmuş ərazilərdə 69800 nəfər rayon sakini yaşayır. Ermənistanın silahlı qüvvələri ilə mübarizədə rayon sakinlərindən 400 nəfərədək müharibə əlili, 657 nəfər şəhid olmuşdur, 181 nəfər əsir və itkindir. 6 nəfərə Azərbaycan Respublikasının Milli qəhrəmanı adı verilmişdir.

Hazırda rayonda 45 inzibati ərazi dairəsi olmaqla 2 şəhər, 16 qəsəbə və 82 kənd yaşayış məntəqəsi vardır. 1 şəhər, 61 kənd rayonun işğal altındakı ərazilərində yerləşir. İşğaldan azad olunmuş ərazilərdə isə 1 şəhər,16 qəsəbə və 21 kənd vardır. Rayonda 21 yerli özüunu idarə orqanı olan bələdiyyələr faəliyyət göstərir.