Zəngilan rayonu 29 oktyabr 1993-cü ildə təcavüzkar Ermənistan tərəfindən işğal olunmuşdur. İşğal nəticəsində rayon ərazisindəki onlarla milli və dini-tarixi abidə məhv edilmidir. 

Zəngilan müharibə alovunun qasırğasını 1990-cı ildən daha tez-tez hiss etməyə  başladı. Ermənilər dəmir yolunu bağlayır, qatarları saxlayır, adamları girov götürürdülər. 1992-ci ilin əvvəlindən isə rayonun sərhəd kəndləri döyüş zonasına çevrildi. Yerli əhali özümüzünkülərdən gizləyib saxladıqları ov tüfəngləri ilə torpaqlarımızı qoruyurdular. Ermənilər isə xarici havadarların köməyilə mükəmməl silahlanmışdılar.

Zəngilanın işğalı artıq 1992-ci ildə faktiki olaraq reallaşmışdı. Hərbi işdən az-çox başı çıxan adam bu reallığı görürdü. Aydınlıq olsun deyə, işğala aparan bu yolda xronoloji ardıcıllığa qısa nəzər yetirək:

1992-ci ilin yanvar ayının sonunda ermənilərin Zəngilana mütəşəkkil hücumları başlayır. Fevralın 1-də Günqışlaq, Qazançı, Dərəli və Vejnəli kəndinə basqın edirlər. Artıq döyüşlər intensiv xarakter almışdı. Aprelin 9-da erməni silahlı birləşmələri Qazançı, Seyidlər, Dərəli, Ağkənd, Pirveyis, Günqışlaq kəndlərinə soxulur. Evlərə od vururlar. Beləliklə, bu kəndlər ermənilərin nəzarəti altına düşür. 2 həftə sonra Qazançı və Dərəli kəndləri azad edilsə də, Seyidlər kəndi mühasirədə qaldı. Bundan sonra ermənilərin növbəti hücumu iyunun 29-da oldu.

Bütün yayı Zəngilanın kəndləri və rayon mərkəzi düşmən atəşinə məruz qalır. Bir müddət fasilə verdikdən sonra oktyabrın 20-də ermənilərin döyüş təyyarələri rayon mərkəzini bombalayır. Belə şəraitdə Bakıda hələ də siyasi hərc-mərclik hökm sürürdü. Dekabrın 10-da Seyidlər kəndi yenidən ermənilər tərəfindən işğal olunur.

Beləliklə, 1992-ci ilin sonuna Zəngilanın 13 yaşayış məntəqəsi, bir çox strateji yüksəklikləri düşmənin əlinə keçmişdi. Bununla da rayonun işğalının əsası qoyulmuşdu.

1993-cü ildə isə döyüşlər ara vermirdi. Yaz fəslində ermənilərin hücumları daha da intensivləşir. Martın 2-də Aşağı Göyəli və Canbir kəndləri işğal olunur. 2 gün sonra Şayıflı və ətraf kəndlərə düşmən hücumları genişlənir. Rayon mərkəzi atəş altında idi. Belə bir şəraitdə çətinliklərə baxmayaraq mərd əhali təslim olmur, düşmən hücumları dəf edilirdi. İyulun 19-da Qızıldaş qəsəbəsi döyüş meydanına çevrilmişdir.

1993-cü il avqustun 25-də erməni hərbi birləşmələri genişmiqyaslı hücuma keçərək daha 5 kilometr irəlilədilər. Rayon mərkəzinin mühasirəyə düşmək təhlükəsi daha da artdı. Oktyabrın sonuna yaxın rayon tam mühasirə vəziyyətinə düşdü. Oktyabrın 25-26-da Sığırt və Bartaz yüksəklikləri işğal olunmuşdur. Bununla da Zəngilanın mühasirəsi başa çatdırıldı.

Düşmən əsasən Zəngilan üzərinə üç istiqamətdə hərəkət edirdi:

Mehri istiqamətində hərəkət edən işğalçılar yüksəklikləri ələ keçirib, Vəjnəli və Ağbənd kəndlərini işğal etdilər.

Qafan istiqamətində hərəkət edib Burunlu, Şayıflı, Göyəli kəndlərini tutub rayon mərkəzinə gedən yola çıxdılar.

Qubadlının işğal edilmiş (1993-cü il 31 avqust) ərazilərindən hərəkət edib Saldaş, Çərəli, Mollalı, Qiyaslı, Ulaşlı, Əbilcə, Qarakişi, Tinli, Xocahan, Ağbiz kəndləri və Ağbiz yüksəkliklərini ələ keçirirlər.

Təxminən 34 min əhali İran sərhədinə-Araz çayının kənarına toplaşır. Gur sulu Araz çayını isə keçmək mümkün deyildi. Azərbaycan rəhbərliyi İran hökuməti ilə danışıqlar apardı və İran tərəfi Araz çayı üzərindəki bənddə suyu bağladı. Yalnız bundan sonra əhali çayı keçib xilas olur.

Zəngilanda ikinci Xocalı faciəsinin baş verməsinin qarşısı alındı. Mülki əhali İran ərazisinə keçərək erməni soyqırımının qurbanına çevrilmək təhlükəsindən qurtarıblar.

Bununla belə, rayonun erməni hərbi birləşmələrinin hücumundan müdafiəsi zamanı 188 nəfər şəhid olub, 44 nəfər itkin düşüb. Hazırda Zəngilanın 35 min nəfərlik əhalisi Azərbaycanın müxtəlif bölgələrində məskunlaşıblar.

İşğaldan sonra Bakı-Mincivan-Qafan dəmiryolu xəttinin keçdiyi Mincivan stansiyası tamamilə dağılıb. İşğal olunmazdan əvvəl bir şəhər, bir qəsəbə və 83 kənddən ibarət olan Zəngilanda 9 məktəbəqədər müəssisə, 19 ibtidai məktəb, 15 orta məktəb, bir texniki peşə və musiqi məktəbi, 35 kitabxana, 8 mədəniyyət evi, 23 klub müəssisəsi və 22 kinoqurğu fəaliyyət göstərib. Ümumilikdə I Qarabağ müharibəsində Zəngilan rayonu 188 şəhid verib. 35 min nəfərə yaxın rayon sakini hazırda məcburi köçkün kimi Azərbaycanın ən müxtəlif bölgələrində məskunlaşıb. Müharibə dövründə rayonun 44 sakini itkin düşüb və onların taleyindən bu günədək xəbər yoxdur.

Hazırda ermənilər Zəngilan rayonu ərazisində ekoloji terroru davam etdirirlər.

Ermənilərin törətdiyi mütəmadi yanğınlar nəticəsində rayon ərazisinin böyük bir hissəsi külə dönüb, yaşıllıqlar, qoruqlar, qiymətli ağaclar ermənilər tərəfindən tamamilə qırılaraq məhv edilib. 

Hazırda Zəngilan rayonunun məcburi köçkünləri Bakıda və respublikamızın 43 rayonunda müvəqqəti məskunlaşmışdır. Zəngilan rayonunda erməni təcavüzü nəticəsində Milli Ordunun 33 nəfər döyüşçüsü qəhrəmancasına həlak olmuş, 7 nəfər polis işçisi itkin düşmüşdür. Zəngilan 200 nəfərdən çox şəhid vermiş, 12800 uşaq zərər çəkmiş, 395 uşaq yetim qalmışdır. 44 nəfərin aqibəti bəlli deyil, 127 nəfər isə müharibə əlilidir.