Zərifə İsmayıl qızı Budaqova Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü 1929-cu il aprel ayının 28-də İrəvan şəhərində anadan olmuşdur. O, 1943-cü ildə Ermənistan SSR Pedaqoji Texnikumunda, 1945-ci ildə Ermənistan SSR Dövlət Pedaqoji İnstitununun Azərbaycan dili və ədəbiyyatı fakültəsində təhsil almışdır. 1948-ci ildə tarixi Azərbaycan torpağı olan indiki Ermənistan ərazisindəki azərbaycanlıların böyük qisminin deportasiya edilməsi nəticəsində Z.Budaqovanın da ailəsi Azərbaycan Respublikasının paytaxtı Bakı şəhərinə köçmüş və o, 1948-1949-cu illərdə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun Azərbaycan dili və ədə-biyyatı fakültəsində təhsilini davam etdirərək oranı fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. 1949-1953-cü illərdə Moskva şəhərində keçmiş SSRİ Elmlər Akademiyası Dilçilik İnstitutunun Türk dilləri sektorunun aspiranturasında oxumuş, 1953-cü ildə «Azərbaycan dilində feilin tərz kateqoriyası» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. O, 1953-1955-ci illərdə Azərbaycan EA Dil və Ədəbiyyat İnstitutunda (o zaman bu institutlar birgə olmuşlar) böyük elmi işçi vəzifəsində çalışmış, 1955-ci ildən 1989-cu ilədək (ömrünün sonuna qədər) Dil-çilik İnstitutunun Müasir Azərbaycan dili şöbəsinə rəhbərlik etmişdir. Z.Budaqova 1963-cü ildə «Azərbaycan ədəbi dilində sadə cümlə» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. 1968-ci ildə «Türk dilləri» ixtisası üzrə professor el-mi adı qazanmış, 1980-ci ildə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü seçilmişdir. Dilçi alim 1984-1988-ci illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyası Nəsimi adına Dilçilik İnstitutunun direktor müavini, 1988-1989-cu illərdə direktoru vəzifəsində çalışmışdır.
Z.Budaqova azərbaycanlı qadınlar arasında filologiya elmləri namizədi və elmlər doktoru elmi adı almış ilk alim və Dilçilik İnstitutunun ilk qadın direktoru olmuşdur.
Alim 100-dən artıq elmi əsərin, 8 kitabın müəllifidir. O, bir çox beynəlxalq, ümumittifaq və respublika miqyaslı simpozium, konfrans, müşavirə və elmi sessiyalarda iştirak edərək Azərbaycan Elmlər Akademiyasını təmsil etmişdir.
Dilçi alim 20-dən çox elmlər namizədi və elmlər doktoru yetişdirmişdir.
AMEA-nın müxbir üzvü Zərifə Budaqova 1989-cu il noyabrın 10-da Bakı şəhərində vəfat etmişdir. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü (1989), AMEA-nın akademik Həsən Əliyev adına Coğrafiya İnstitutunun direktoru Budaq Budaqovun həyat yoldaşıdır.