Heydər Hacı Nəcəf oğlu Hüseynov 1908-ci il aprel ayının 3-də İrəvanın Təpəbaşı məhəlləsində tacir Hacı Nəcəf Kərbəlayi Hüseyn oğlunun və Məşədi Gülsümün ailəsində anadan olmuşdur. Ailədəki altı uşağın kiçiyi olmuşdur. Heydər anadan olandan az sonra atası vəfat etmişdir. Böyük qardaşı Yusif 1918-ci ildə erməni dəstələri tərəfindən öldürüldükdən sonra ailələri əvvəl Batuma, sonra Stavropola, 1920-ci ildə isə Bakıya köçmüşdür. Heydər Hüseynov böyük qardaşı və anasının himayəsi altında böyümüşdür.

Heydər Hüseynov Bakıdakı 18 nömrəli məktəbdə təhsilini davam etdirmişdir. 1931-ci ildə Azərbaycan Dövlət Universitetini bitirdikdən sonra müxtəlif sahələrdə çalışmışdır: orta məktəbdə müəllim, Azərbaycan Ensiklopediyası Nəşriyyatı Komitəsində elmi işçi (1936), orada elmi katib (1937). 1938-ci ildə H.Hüseynov Ensiklopediya və lüğətlər İnstitutunun direktoru təyin edilmişdir. Bu dövrdə onun “M.F.Axundovun fəlsəfi görüşləri” kitabı çapdan çıxmışdır.

1939-cu il alim üçün daha uğurlu olmuşdur. O, həmin ildə Tbilisi Universitetinin elmi şurasında M.F.Axundovun fəlsəfi irsinə həsr etdiyi dissertasiyasını müdafiə edərək fəlsəfə elmlər namizədi alimlik dərəcəsini almışdır. “Dialektik materializm”, “Dialektika və metafizika”, “Rusca–azərbaycanca lüğət” kitabları nəşr olunmuşdur. Həm də “Dialektik və tarixi materializm” kafedrasının dosenti seçilmişdir.

1940-cı ildə H.Hüseynov “Şərəf nişanı” ordeninə layiq görülmüşdür. Həmin vaxt o, SSRİ EA Azərbaycan filialının sədr müavini, 1944-cü ildən isə sədri olmuşdur. 1944-cü ildə fəlsəfə elmlər doktoru elmi adını alan görkəmli filosof bir il sonra Azərbaycan Elmlər Akademiyasının ilk həqiqi üzvlərindən biri olmuşdur. Bu illərdə məhsuldar alimin “Axundovun fəlsəfi baxışları” (1942), “Vətənpərvər şair Səməd Vurğun” (1942), “Azərbaycan ziyalıları Vətən müharibəsi günlərində” (1944), “Ədəbi qeydlər” (1945) və digər kitabları nəşr edilmişdir. O həm də “Müxtəsər Azərbaycan ədəbiyyatı” tarixinin (1–2-ci cild; 1943–1944) redaktorlarından biri olmuşdur.

Bu dövr H.Hüseynov yaradıcılığının ən yüksək zirvəsi onun M.Mirbabayevlə və Ә.Orucovla birlikdə tərtib etdiyi “Rusca–azərbaycanca tam lüğət” (1940–1946) kitabı olmuşdur. Hələ lüğətin 4-cü cildi çapdan çıxmamış 1943-cü ildə akademik İ.Meşşaninov onu “rus milli lüğətləri içərisində ən böyüyü” adlandırmış və Azərbaycan alimlərinin əməyini yüksək qiymətləndirmişdir. Bu əsərə görə o, “Stalin” mükafatı (sonralar SSRİ Dövlət mükafatı) laureatı adına layiq görülmüşdür.

H.Hüseynov 1946-cı ildə “Nizaminin ictimai görüşləri”, 1950-ci ildə “Görkəmli Azərbaycan alimi A.A.Bakıxanov” və “Azərbaycanda XIX əsr ictimai və fəlsəfi fikir tarixindən” kitablarını nəşr etdirmişdir.

Heydər Hüseynovun elmi fəaliyyətinin mükafatlandırılmasına baxmayaraq, ona qarşı respublika rəhbərliyində dözümsüzlük başlamış, 1950-ci ilin mayında Azərbaycan KP MK-nın büro iclasında onun “Azərbaycanda XIX əsr ictimai və fəlsəfi fikir tarixindən” kitabı ciddi şəkildə tənqid edilmişdir. O, 19-cu əsr Qafqaz fəlsəfi fikrinin tədqiqi müridizmin təbliğində və sufizmin təqdirində günahlandırılmış və Dövlət mükafatından məhrum edilmişdir. Təqib və təhqirlərə dözməyən akademik H.Hüseynov 1950-ci il avqustun 15-də intihar etmişdir.

Görkəmli alim uzun illər dörd böyük vəzifə aparmışdır. O, həm Azərbaycan SSR EA-nın vitse-prezidenti, həm akademiyanın ictimai elmlər şöbəsinin müdiri, həm ADU-nun fəlsəfə kafedrasının müdiri, həm də Azərbaycan Partiya Tarixi İnstitutunun direktoru və bununla yanaşı, Azərbaycan SSR Ali Sovetinin və Bakı Şəhər Zəhmətkeş Deputatları Sovetinin deputatı olmuşdur.

2008-ci ildə akademik Heydər Hüseynovun 100 illik yubileyi respublikanın hər yerində yüksək səviyyədə qeyd olunmuşdur.